Skip to content

Mutacje związane z nabytą opornością na blokadę PD-1 w czerniaku czesc 4

1 miesiąc ago

524 words

Czerwone kółko uwidacznia nową, o wysokiej allelowej, mutację specyficzną dla nawrotu w genie kodującym kinazę Janus (JAK1) w kontekście chromosomalnej utraty heterozygotyczności (gwiazdka). Każdy klin reprezentuje chromosom. W zewnętrznym torze (czarne tło) każdy punkt reprezentuje niesynonimiczną mutację, z których większość jest wykryta w obu próbkach biopsji (szara), a nie tylko w przypadku nawrotów (czerwona) lub linii bazowej (zielona). Pozycja osi y wskazuje odmianę częstości alleli (VAF) w nawrocie, o ile nie jest zależna od linii bazowej. Ścieżka środkowa i wewnętrzna przedstawiają odpowiednio stan numeru kopii dla linii podstawowej i biopsji nawrotu; ciemnozielony w podtracku wskazuje na utratę heterozygotyczności. W panelu B, intrygi Integrative Genomics Viewer (IGV) (na górze) pokazują, że mutacja nonsensowna JAK1 Q503 * jest specyficzna dla nawrotu, a diagram cBioPortal26 (na dole) pokazuje, że mutacja JAK1 znajduje się powyżej domen kinazy. Znaleźliśmy mocne dowody na to, że nawroty nowotworów były ściśle genetycznie powiązane z ich wyjściowymi odpowiednikami, mimo że do 2 lat pomiędzy biopsjami. W przypadku pacjentów i 2 z 1173 i 240 niesynonimowych mutacji, odpowiednio, pierwotnie zidentyfikowanych w próbce wyjściowej, 92,5% i 95,8% było również obserwowanych w opornym guzie (Figura 2A i Fig. S4 w Dodatku Uzupełniającym) . Nawroty nowotworów zawierały również te same zdarzenia chromosomalne utraty heterozygotyczności, co wyjściowe nowotwory, a wszystkie różnice były spowodowane dalszą utratą próbek nawrotów. W próbkach biopsji nawrotów od obu pacjentów zidentyfikowaliśmy nowe homozygotyczne mutacje utraty funkcji w kinazach związanych ze szlakiem interferonu-receptora, z mutacją nonsensowną Q503 * w genie kodującym kinazę Janus (JAK1) w Pacjent ( Figura 2A i 2B) i mutacja miejsca splicingowego F547 w genie kodującym kinazę 2 Janus (JAK2) u Pacjenta 2 (Fig. Sekwencjonowanie RNA wykazało, że mutacja miejsca splicingu JAK2 spowodowała integrację intronu, wytwarzając kodon stop w ramce 10 bp po eksonie 12 (Fig. S5 w Dodatku Aneks). Dlatego obie mutacje znajdowały się powyżej domen kinazy i prawdopodobnie skracały białko lub powodowały rozpad z udziałem nonsensu. Żadna z mutacji nie została zaobserwowana w punkcie wyjściowym w sekwencjonowaniu egzogenów, poprzez sekwencjonowanie Sangera, ani przez sekwencjonowanie ukierunkowane amplikonem (ryc. S6 w dodatku uzupełniającym).
Mutacja JAK2 była jedyną mutacją homozygotyczną (skorygowaną częstością alleli wariantów,> 85%) 76 nowych niesynonimicznych mutacji w Pacjent 2, a mutacja JAK1 wynosiła tylko 3 mutacji homozygotycznych wśród 53 nowych mutacji w Pacjent (Tabela S5 w Dodatek dodatkowy). Aby stać się homozygotami, obie mutacje JAK zostały nabyte w kontekście zdarzenia bezdialinowego neutralnego pod względem liczby kopii, powodując utratę chromosomu typu dzikiego i duplikację zmutowanego allelu. Widać to wyraźnie w Pacjentce 1: w nawrocie, chromosom 1p (zawierający JAK1) wykazał spadek częstości występowania mniejszych alleli dla polimorfizmów pojedynczych nukleotydów linii płciowej względem linii bazowej (ryc. S7 w dodatkowym dodatku), brakowało 36 heterozygotycznych mutacji wyjściowych (przypuszczalnie na utraconym allelu) i zawierał 20 mutacji (przypuszczalnie na zamplifikowanym allelu), które stały się homozygotyczne (skorygowana częstość alleli wariantowych,> 85%, ze zmianą> 35 punktów procentowych od linii podstawowej)
[patrz też: badania w kierunku cukrzycy, skierowanie do pracowni diagnostycznej, trening umiejętności społecznych dla dzieci ]

Powiązane tematy z artykułem: badania w kierunku cukrzycy skierowanie do pracowni diagnostycznej trening umiejętności społecznych dla dzieci